山西省汾阳医院:基于Pyecharts的数据可视化应用
CHIMA 2020医院新兴技术创新应用优秀案例征集自启动以来,获得了业内各方的积极响应。CHIMA将陆续刊登参评案例,展示医疗信息技术科技创新应用成果。案例征集截止日期为11月5日,欢迎大家踊跃投稿。
随着医院信息化的发展,各种系统深入医疗生产运行的各个环节与之伴随的是大量数据的产生,而对于县级三甲医院来说存在的数据质量不高、数据利用率低等问题,同时医院决策者、科研人员、临床工作者等非计算机专业人员在对数据的使用过程中对数据的处理以及可视化过程中所用的能力以及手段有限,无法让数据以最直观的形式展示出来。医院无法挖掘现有数据资源使之发挥更大价值,让大数据、机器学习、人工智能离基层三甲医院越来越远,也让医院觉得新兴技术就是“砸钱”、“烧钱”。
Python作为一种开源的新兴的语言,广泛应用于大数据、爬虫、网站开发、人工智能等领域,其学习难度低接近自然语言,且开源生态愈发完善,让越来越多的编程爱好者成为开发者。
本案例是基于python的pyecharts开源库进行开发,可将数据生成饼图、雷达图、柱状图、散点图、热点地图等常见的可视化的效果图,最终可将数据进行展示用于决策辅助。本案例适用于基层医院,对使用者能力要求不高,可实现初级对大数据的应用,如果深入学习可以利用pyecharts丰富的开源接口进行web、flask等深度开发。
(1)python3.0+:一种程序语言,具备开源、跨平台、面向对象等特点,而且结合了解释性、变异性、互动性的特点并且接近自然语言,使其成为近几年最火爆的开发语言之一。本案例所使用的为3.7版本。
(2)PyCharm:是python的IDE,带有一整套可以帮助用户在使用Python语言开发时提高其效率的工具,比如调试、语法高亮、Project管理、代码跳转、智能提示、自动完成、单元测试、版本控制。适用于专业以及刚起步的开发人员。本案例使用的为pycharm2018。
(3)Pyecharts库:是由Echarts 是一个由百度开源的数据可视化与python相结合的数据可视化库。拥有简洁的API,囊括的30+种常见图表,可以集成至Flask、Djiango等主流web框架,高度灵活的配置项可以轻松带配出精美的图表。本案例使用的为pyechartsV1.7.0版本。
(4)Pandas库:该工具解决了数据分析任务,纳入了大量的标准数据模型,主要用于数据清洗,使之成为需要的数据格式。本案例使用的为pandas1.3.0版本。
开发流程:第一,先对需求进行分析,分析数据来源以及筛选条件;第二,使用select语句对数据库数据进行查询,并导出所需要的数据;第三,利用Pandas库数据清洗,对导出的数据进行清洗,使之成为Pyecharts可以直接使用的数据格式;第四,将数据导入,并调节Pyecharts所对应模块的参数,生成可视化的图片;第五,优化设计,进行多种图例的生成对比图片直观程度,最终选择图例;第六,可以直接导出使用至PPT,也可以对接WEB接口进行集成。
本案例应用于全院科研人员、管理决策者以及普通医务人员对数据可视化有需求的工作环境。具体应用展示如下:
案例一,BI展示:帮助行政决策者更直观的看到我院情况,案例为2019年度,我院收治本地市患者区域分布图:
案例二,临床数据分析:帮助临床科研部门分析本科室患者情况,案例为2019年,我院收治诊断含有“肺炎”诊断相关的年龄分布散点图:
利用开源的pyecharts库丰富的数据可视化功能,展现医院现有需要展示的数据,并进行优化,逐步形成为医院行政管理科室、科研科室、临床科室制作标准的可视化图形并制作数据可视化标准文档,定期维护更新。
申报单位:
山西省汾阳医院
参选方向:
医院数据治理建设
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