冯嵩:医学大数据赋能临床科研一体化
始建于1906年的中南大学湘雅医院(以下简称“湘雅医院”)是国家卫生健康委员会直管的三级甲等综合医院,是我国建立健全现代医院管理制度试点医院之一,拥有3500张床位。医院于2019年开始着力打造临床科研一体化平台。“大数据是智慧医院建设非常重要的一部分,我们要强化数据资源建设,着力推进基于大数据的相关应用,支撑医院科研、临床应用、医院管理需求,推动医院高质量和可持续发展。”湘雅医院信息中心主任冯嵩谈到。
《全国医院信息化建设标准与规范(试行)》提出,要利用数据中心的大数据资源,对医疗服务、科研管理、医院治理等的辅助决策支撑应用。“研究型医院的建设需要发挥数据价值,同时临床科研、特别是多中心临床研究需要数据的支撑。在使用数据前,需要先对数据进行结构模型转换、代码转换、数据清洗、数据归约、实体提取等相应处理。”冯嵩认为,为保障数据合理、合规利用,医院应该按照国家法律和行业法规,建立数据安全标准体系、数据分类分级保护制度、数据安全审查制度和数据安全应急处置机制等。
设置大数据中心架构
在冯嵩看来,数据既要可用也要保证其全程可控,基于此湘雅医院建设了“3321”大数据共享协作平台:第一个3是指三大应用中心,分别是网络信息与大数据中心、临床研究方法学中心、数据挖掘与应用中心;第二个3是指三大数据来源,分别是医院临床数据、专病队列数据和协作机构数据;2是指两大资源,分别是临床实验资源和生物样本资源;1是指一张“共建、共治、共享”的科研协作创新网络。
在湘雅医院,三大中心协同工作,共同承建数据的使用和管理,为临床提供数据支撑:网络信息与大数据中心以医学数据采集、汇聚和质控管理为核心,为国家老年疾病临床医学研究中心的多中心临床研究项目提供数据基础,并负责临床数据管理、一站式科研支撑、多中心科研协作等公共平台的建设和管理。临床研究方法学中心组织合作院校的统计学和流行病学专家形成专家团队,在平台的支持下通过数据特征分析、病历智能检索等功能,为临床研究人员提供专业、详实的指导。数据挖掘与应用中心成立了多学科交叉的研究团队,拥有先进的软硬件设备,为临床医学相关研究提供大规模科学运算和数据分析服务,面向全球及协同创新联盟成员单位开放共享。“我们构建了数据中心,汇聚了院内信息系统、联盟医院和区域平台、设备数据等为来源的930多万患者数据,按不同主题对数据进行清洗、质控及数据治理后,形成了临床数据中心、科研数据中心、运营数据中心等,支撑医疗、管理、科研等应用。”冯嵩表示。
湘雅医院在进行数据中心建设时,首先确定了数据来源,把整个院内数据汇总到一起,形成资源中心。“通过整合患者和疾病全生命周期的数据,从临床业务系统或汇聚库经过标化处理后,根据数据标准建立的数据模型进行存储,主要的数据域包括门急诊患者全量医疗数据、住院患者全量医疗数据、生物样本库数据、医疗设备和仪器数据、联盟医院全量数据、穿戴设备全量数据等。”冯嵩介绍。
为方便对数据进行研究分析,湘雅医院根据类别对诊断、手术等数据按病种进行统一的归一化,支持各种维度的检索和分析。在数据质控方面,湘雅医院形成了完整的质控流程,每天会形成相应的质控报表,通过不断质控发现数据问题,然后再根据问题反馈到数据产生源头整改,并动态完善质控规则,从而保障数据质量。为保障数据的安全,湘雅医院建立了一套完整、可追溯的数据血缘体系,从数据的使用端可以清晰的关联到数据的生产端,保证数据的全程可追溯。
构建大数据应用体系
冯嵩强调,湘雅医院非常重视加强数据使用过程中的风险防控,特别强调对数据使用者的监管,所有流通环节都有据可查。
湘雅医院统一管理全平台用户权限,管理后台集成了访问权限设置、角色设置、导出管控等模块:访问权限设置支持统一分配数据库的访问权限到具体的用户;角色设置支持根据功能使用需求,给不同用户在不同库灵活设置不同的角色;导出管控支持后台统一管理无导出权限用户的数据导出申请。对此,冯嵩谈到:“我们对所有大数据平台的用户权限使用进行了统一管理,同时大平台本身也会提供全流程的功能支撑,并且具备标准的数据分析能力。”如果医生想借助数据进行科研,可先申请一个账号,查询到所有的数据资源。如果相关数据满足医生的科研需求,由医生上报给数据管理委员会,提供研究思路、数据范围、伦理审批等资料后,数据管理委员会组织答辩,通过后按科研项目管理提供数据并在医院内的安全环境内使用。
依托大数据共享协作平台,湘雅医院牵头国家重点研发计划项目共11项,开展科研课题75项,建成临床队列23个,包括全国首个老年骨关节疾病领域大样本自然人群队列、全国最大的家族性帕金森病和早发型帕金森病队列、全国人群地域分布最广泛的老年皮肤病队列。
在谈及下一步工作思路时,冯嵩表示:“大数据将进一步支撑我们的基础研究、临床与产业一体化协同发展,相互助力,形成以基础创新研发为主导的 ‘产学研用’互动格局。同时计划建立全病种数据库平台,在多个数据库之间实现数据的统一和共享。”
上一篇: 朱晨:论信息主管的见识与内省